Mass Effect 3: Citadel — основная база операций игрока — это личная квартира, которую Шепард одолжил адмиралу Андерсону, герою войны и наставнику Шепарда, который в настоящее время находится на Земле. Из квартиры игрок может настраивать мебель, инициировать квесты, взаимодействовать с неигровыми персонажами, а затем получить доступ к другим областям Цитадели. Первая половина пакета ориентирована на сюжет и обычно чередует геймплей между квартирой и шутером от третьего лица вокруг Цитадели, но также включает миссию по проникновению в казино, в которой требуются некоторые элементы скрытности. Кульминацией истории является битва с боссом на борту «Нормандии».против клона Шепарда, чья боевая тактика и класс персонажа предварительно выбраны, чтобы соответствовать таковым у игрока.