Mario & Luigi: Paper Jam — это ролевая игра, построенная по тому же формату, что и предыдущие игры серии Mario & Luigi, с некоторыми дополнительными элементами из серии Paper Mario . Игрок одновременно управляет Марио, Луиджи и Бумажным Марио из соответствующих серий и путешествует по миру Грибного Королевства, чтобы добраться до Замка Баузера, чтобы спасти оба варианта принцессы Пич из обоих вариантов Боузера из их соответствующих вселенных. Каждый из трех использует разные кнопки для управления ими. В обычном мире игрок может разговаривать с неигровыми персонажами и решать головоломки, некоторые из которых необходимо решить, чтобы прогрессировать.