Jagged Alliance: Deadly Games — по сравнению с оригиналом, в игровой процесс Deadly Games было внесено несколько изменений. Исчезла стратегическая глобальная карта, и режим свободного перемещения был заменён набором миссий, расположенных в хронологическом порядке. В зависимости от действий игрока, сюжет может ветвиться, что создаёт стимул к повторному прохождению игры. Между миссиями игрок может менять состав команды наёмников, и их вооружение.