GoldenEye: Rogue Agent — шутер от первого лица, состоящий из 8 уровней. На протяжении всей игры игрок может использовать различные виды ручного оружия, а также GoldenEye, обладающий четырьмя способностями: МРТ-зрение, позволяющее игроку видеть сквозь стены; EM hack, позволяющий игроку взламывать электронные системы, машины и оружие врагов; щит полярности, отражающий летящие пули; и магнитное поле, которое позволяет игроку отправлять врагов на смерть.
Каждая способность предоставляется игроку по ходу игры. Каждая способность требует определенного количества энергии, видимого на счетчике. После использования способности счетчик медленно перезаряжается. Можно собирать различное оружие, что позволяет игроку сражаться одним одноручным оружием или двойным оружием. Свободную руку игрока также можно использовать, чтобы бросать гранаты или брать заложников, используя их в качестве живого щита, чтобы враги не могли поразить игрока.