Galactic Civilizations 2: Twilight of the Arnor — согласно предыстории основной кампании игры, расы Дренгин и Корат находятся в состоянии войны, причем последние хотят уничтожить, а первые просто поработить Галактику. Предположительно, обеими сторонами манипулируют Повелители Ужаса, которые выжидают, готовясь к следующему нападению. В то же время Земля изолирована и находится в безопасности за непроницаемым барьером, а ее некогда могучий флот ищет способы покончить с угрозой Повелителя Ужаса раз и навсегда.
По мере развития основной кампании игры выясняется, что один-единственный корабль Альянса Терран сталкивается с одним из Арноров, расы существ, происходящих от тех же существ, что и Повелители Ужаса, но пошедших по более мягкому пути. Согласно сюжету игры, люди затем узнают ключ к победе над Повелителями Ужаса. Это включает в себя массивные корабли, похожие на Звезду Смерти, называемые Звездами Ужаса.