FIFA 99 — в игре присутствовало множество новых лиг (были даже проблемы с продажей игры в Португалии, где возник конфликт с обладателями лицензии на Португальский чемпионат), что поспособствовало хорошим продажам игры и увеличению популярности. Также были значительно улучшены графическая составляющая игры, анимация персонажей, уникальные формы команд и их эмблемы. Игрокам позволялось создавать свои собственные турниры и выбирать команды, которые будут в них участвовать. В игре присутствовал режим «European Super League» (рус. Европейская СуперЛига), включающий в себя 20 лучших команд Европы, которые сражались друг с другом в большом групповом турнире.