Drakengard 2 — как и в случае с оригинальным Drakengard, игра разбита на главы и подразделяется на наземные и воздушные миссии. Сюжет игры диктует, какие миссии появляются во время начального прохождения и как они разыгрываются, хотя по мере продвижения игрока открываются новые переработанные версии различных игровых уровней, называемые «бесплатными миссиями», которые позволяют игроку проходить миссии с удаленными сюжетными элементами. Игрок может перемещаться между автономными областями игрового мира с помощью карты мира, разблокированной после первой главы.