Army of Two: The 40th Day — доступно оружие и улучшения с взаимозаменяемыми улучшениями между оружием, такими как добавление ствола одной штурмовой винтовки к другой. Вариант «Прокачка» возвращается вместе с новыми схемами камуфляжа. Оружие теперь также можно получить из мертвых врагов, увеличив арсенал игрока до четырех видов оружия вместе с гранатами. Пули смогут пробивать более слабые материалы, такие как дерево и листовой металл. Определенное оружие и шкафчики с оружием можно разблокировать только с помощью моментов морали. Части оружия можно получить в игре бесплатно, либо обыскивая бронированные ящики (которые запираются, как только охраняющий их противник обнаруживает присутствие игрока), спасая заложников, либо просто исследуя.