Agent Commando — шутер с видом от первого лица. Группа безумных ученых, которые называли себя Творцами, верили, что творение рождено из разрушения, поэтому они планировали взорвать Землю и создать новую человеческую цивилизацию. На протяжении десятилетий они вербуют террористов и приказывают им размещать специальные устройства в определенных местах по всему миру. Такие устройства изменяли магнитное поле Земли и вызывали сильные землетрясения и цунами.
Осознав, на что способны безумные ученые, правительства всех стран объединились и основали организацию под названием «Щит Земли», надеясь спасти нашу планету и людей. После долгих лет исследований «Щит Земли» наконец обнаружил несколько баз безопасности, которые Создатели назвали «Ковчег», которые каким-то образом способны выжить во время разрушения благодаря своим особым координатам. Как агент Щита Земли, ваша основная миссия — проникнуть в Ковчеги и убить Создателей.