Корсары: Город потерянных кораблей — игра начинается 1 января 1665 года. У двух персонажей — обычное начало, оставшееся ещё от КВЛ (Корсары Возвращение Легенды), а третий — Питер Блад, ирландский врач, которому ещё только предстоят многие трудности, прежде чем попасть на обширные территории Карибского моря. С ним игра начинается в одном из поместий Англии. Он прибыл туда, чтобы излечить больного. Ему помогает его помощник, а позже и штурман — Джереми Питт. После приключений в поместье нас переносит на плантации Барбадоса, откуда мы и начнём наш путь в пиратскую карьеру. После приключений в городе мы захватываем фрегат «Синко Льягас», и тут-то начинается пиратская жизнь. В игре по сравнению с предыдущими играми серии изменено фехтование, некоторые аспекты управления и т. д.